實時定量聚合酶鏈反應用于控制提取的核酸/cDNA和基因組DNA的質(zhì)量。為評估所提取的核糖核酸的質(zhì)量，可建立一種特異性的單拷貝基因系統(tǒng)，用以量化基因組當量和細胞數(shù)。而該系統(tǒng)用于對DNA質(zhì)量控制的概要，使用該系統(tǒng)針對單拷貝基因，使用ct值來確定某些組織的DNA提取質(zhì)量。超過一定閾值的樣本表明dna已經(jīng)被降解，需要重新獲取，而利用系統(tǒng)可對偽基因進行靶向復制。
在準備研磨提取前，我們需要取新鮮的動物組織做樣品，剪切成50-100mg左右的濕重，用液氮快速冷凍，在-80℃的低溫冰箱中保存。這些被冷凍的組織在DNA提取前，需被放在深孔板中，然后把深孔板放在干冰上進行冷凍。每個孔中需加入研磨鋼珠和緩沖液，使其凈化溶解。用高通量的研磨儀器將其深孔蓋密封，開始研磨提取。
在50℃下樣品進行逆轉錄反應，需加入60微升水，加熱5分鐘至95℃，在冰上進行冷卻，使反應終止。而樣品提取的DNA質(zhì)量是由ct值決定的，是受內(nèi)源受控的。待超過某一閾值時，樣品質(zhì)量會受到影響，RNA總降解，需要再次提取備用樣品。通常用該系統(tǒng)來評DNA的質(zhì)量，其目標是具有特定物種的甘油醛-3-磷酸脫氫酶或核糖體基因。
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